De 1996 à nos jours, l'association Cap Marseille poursuit ses actions et signe de nouveaux protocoles d'accords et de partenariat avec de nombreuses associations. "Et Que Vogue la Pilotine" (construction d'un mourre de pouar), "Club Clymène Association" (restauration du voilier Clymène, classé voilier historique par la DRAC), "U Marinu" (La Mer en fête à bord du ferry le Napoloén Bonaparte).

L'association Arcade, porteuse du projet d'insertion "la Yole Massalia pour Brest 2000", souhaite être soutenue dans son projet, et fait appel aux compétences de l'association.

Depuis, de nombreuses associations font appel à Cap Marseille.

Acceuil de la Flâneuse à Brest 96 par le Cdt Helbert, directeur de l'Office de la Mer.